چه عواملی باید هنگام انتخاب یک بستر توالی برای تجزیه و تحلیل داده های میکروبی در نظر گرفته شود؟

سلام! من به عنوان ارائه دهنده خدمات تجزیه و تحلیل داده های میکروبی ، هنگام انتخاب پلت فرم توالی مناسب برای داده های میکروبی ، ضخامت آن را در ضخامت آن قرار داده ام. این یک تصمیم مهم است که می تواند پروژه های تحقیق یا تحلیل شما را ایجاد یا تجزیه کند. بنابراین ، بیایید به عواملی که باید هنگام انجام این انتخاب در نظر بگیرید ، شیرجه بزنیم.

هزینه

بیایید با یک مورد آشکار شروع کنیم: هزینه. توالی می تواند گران باشد و برچسب قیمت بسته به سیستم عامل می تواند متفاوت باشد. شما باید در مورد هزینه های مقدماتی مانند قیمت دستگاه توالی فکر کنید. برخی از سیستم عامل ها با بودجه بسیار دوستانه هستند ، در حالی که برخی دیگر بالا هستند - پایان یافته و با قیمت سنگین همراه هستند.

سپس هزینه های جاری وجود دارد. این شامل مواردی مانند معرفها است که در فرآیند توالی استفاده می شوند. برخی از سیستم عامل ها از معرفهای گران تر استفاده می کنند ، که واقعاً می توانند با گذشت زمان اضافه شوند. شما همچنین باید در هزینه ذخیره و تجزیه و تحلیل داده ها عامل باشید. توالی با توان بالا یک تن داده ایجاد می کند و ذخیره و تجزیه و تحلیل آن می تواند پرهزینه باشد.

برای آزمایشگاه ها یا پروژه های کوچکتر با بودجه سخت ، هزینه اغلب عامل تعیین کننده است. اما به یاد داشته باشید ، اگر این سکو کارآمدتر باشد و به معرفهای کمتری نیاز داشته باشد ، گاهی اوقات پرداخت کمی پیش پرداخت می تواند در دراز مدت باعث صرفه جویی در هزینه شما شود.

توان

توان به میزان داده هایی که یک بستر توالی می تواند در یک زمان معین تولید کند ، اشاره دارد. اگر در حال کار بر روی یک پروژه مقیاس بزرگ هستید ، مانند توالی ژنوم صدها یا هزاران نمونه میکروبی ، به یک سکوی با توان بالا نیاز دارید.

سیستم عامل های با توان بالا می توانند چندین نمونه را همزمان پردازش کنند که باعث صرفه جویی در وقت و هزینه می شود. از طرف دیگر ، اگر فقط به طور همزمان روی چند نمونه کار می کنید ، ممکن است یک سکوی با توان پایین تر کافی باشد. این ارزان تر خواهد بود و ممکن است مدیریت آن آسان تر باشد.

به عنوان مثال ، اگر از a استفاده می کنیدآنالایزر منحنی رشد میکروبیبرای مطالعه رشد تعداد کمی از سویه های میکروبی ، ممکن است نیازی به یک سکوی توالی با توان فوق العاده بالا نداشته باشید.

طول خواندن

طول خواندن یکی دیگر از عوامل مهم است. این طول قطعات DNA یا RNA است که پلت فرم توالی می تواند یکباره بخواند. طول خواندن طولانی تر می تواند برای انواع خاصی از تجزیه و تحلیل مفید باشد.

Automatic Microbial Growth Curve Analyzer

به عنوان مثال ، اگر می خواهید یک ژنوم میکروبی کامل را جمع کنید ، طول خوانده شده طولانی تر می تواند به شما کمک کند تا شکاف ها را پر کرده و تصویری دقیق تر بدست آورید. آنها همچنین می توانند برای تشخیص تغییرات ساختاری در ژنوم بهتر باشند.

با این حال ، سیستم عامل هایی با طول خواندن طولانی تر اغلب از توان کمتری برخوردار هستند و می توانند گران تر باشند. بنابراین ، شما باید نیاز خود را برای خواندن طولانی با سایر نیازهای خود مانند هزینه و توان متعادل کنید.

دقت

دقت در مورد تجزیه و تحلیل داده های میکروبی مهم است. شما می خواهید اطمینان حاصل کنید که پلت فرم توالی که انتخاب می کنید می تواند نتایج قابل اعتماد و دقیقی را ارائه دهد.

برخی از سیستم عامل ها به دلیل دقت بالا شناخته شده اند ، در حالی که برخی دیگر ممکن است میزان خطای بالاتری داشته باشند. اگر شما در حال انجام تحقیقاتی هستید که به اطلاعات ژنتیکی دقیقی مانند مطالعه تکامل جمعیت میکروبی یا شناسایی ژنهای خاص نیاز دارید ، از اهمیت ویژه ای برخوردار هستند.

به خاطر داشته باشید که دقت نیز می تواند تحت تأثیر سایر عوامل مانند کیفیت نمونه و روشهای تجزیه و تحلیل داده مورد استفاده قرار گیرد. اما یک بستر توالی خوب یک پایه محکم برای نتایج دقیق است.

سهولت استفاده

بیایید با آن روبرو شویم ، همه یک متخصص توالی نیستند. بنابراین ، سهولت استفاده از یک سکوی توالی یک کار بزرگ است. سکویی که به راحتی و نگهداری آن آسان باشد می تواند سردردهای زیادی را برای شما ذخیره کند.

به دنبال سیستم عامل هایی باشید که همراه با نرم افزار دوستانه کاربر و دستورالعمل های روشن باشد. برخی از سیستم عامل ها حتی آموزش و پشتیبانی را ارائه می دهند ، که اگر تازه وارد توالی هستید ، می تواند بسیار مفید باشد.

اگر آزمایشگاه شما ترکیبی از کاربران با تجربه و تازه کار داشته باشد ، یک پلتفرم آسان - برای استفاده می تواند اطمینان حاصل کند که همه می توانند در فرآیند توالی نقش داشته باشند.

سازگاری با تجهیزات موجود

اگر آزمایشگاه شما از قبل تجهیزات برای تجزیه و تحلیل میکروبی دارد ، می خواهید یک بستر توالی را انتخاب کنید که با آن سازگار باشد. این می تواند در خرید تجهیزات جدید صرفه جویی کند و ادغام توالی در گردش کار موجود را آسان تر کند.

به عنوان مثال ، اگر از آن استفاده می کنیدآنالایزر منحنی رشد میکروبی اتوماتیک، ممکن است شما یک بستر توالی بخواهید که بتواند یکپارچه با داده های تولید شده توسط آنالایزر کار کند.

قابلیت های تجزیه و تحلیل داده ها

پس از دریافت داده های توالی خود ، باید بتوانید آن را تجزیه و تحلیل کنید. سیستم عامل های مختلف توالی با ابزارهای مختلف تجزیه و تحلیل داده ها همراه هستند.

برخی از سیستم عامل ها ساخته شده - در نرم افزاری که می توانند تجزیه و تحلیل اساسی را انجام دهند ، مانند تراز کردن خواندن و شناسایی ژن ها. برخی دیگر ممکن است شما را به استفاده از نرم افزار شخص ثالث نیاز داشته باشند.

به نیازهای تحلیل داده خود فکر کنید. اگر در آزمایشگاه خود یک تیم بیوانفورماتیک دارید ، ممکن است آنها بتوانند با ابزارهای سوم - حزب ، تجزیه و تحلیل پیچیده را انجام دهند. اما اگر یک آزمایشگاه کوچک و بدون پشتیبانی از بیوانفورماتیک زیادی هستید ، یک سکوی با استفاده از ابزارهای آسان - به - استفاده - در ابزارهای تجزیه و تحلیل ممکن است انتخاب بهتری باشد.

حمایت جامعه

جامعه توالی می تواند یک منبع عالی باشد. به دنبال سیستم عامل هایی باشید که دارای یک جامعه کاربر بزرگ و فعال باشند. این بدان معناست که تعداد بیشتری از افراد در آنجا هستند که می توانند تجربیات خود را به اشتراک بگذارند ، مشکلات عیب یابی را به اشتراک بگذارند و مشاوره ارائه دهند.

می توانید انجمن های آنلاین ، کنفرانس ها و کارگاه های آموزشی را پیدا کنید که بتوانید با سایر کاربران از همان پلتفرم ارتباط برقرار کنید. این می تواند واقعاً مفید باشد ، به خصوص اگر در طی مراحل توالی به موضوعاتی بپردازید.

شهرت فروشنده

شهرت فروشنده نیز مهم است. شما می خواهید با شرکتی کار کنید که سابقه خوبی برای ارائه محصولات و خدمات با کیفیت بالا داشته باشد.

به دنبال بررسی و توصیفات از سایر کاربران باشید. بررسی کنید که آیا فروشنده پشتیبانی مشتری خوبی را ارائه می دهد ، از جمله پشتیبانی فنی و خدمات نگهداری. یک فروشنده قابل اعتماد می تواند در موفقیت طولانی مدت پروژه های توالی شما تفاوت زیادی ایجاد کند.

آینده - اثبات

سرانجام ، شما می خواهید در مورد آینده فکر کنید. فناوری به طور مداوم در حال تحول است ، و شما نمی خواهید در یک سکوی توالی سرمایه گذاری کنید که طی چند سال منسوخ شود.

به دنبال سیستم عامل هایی باشید که به طور فعال توسعه یافته و به روز شوند. فروشندگانی که متعهد به تحقیق و توسعه هستند ، به احتمال زیاد با گذشت زمان ویژگی ها و پیشرفت های جدیدی را ارائه می دهند. این می تواند اطمینان حاصل کند که پلت فرم توالی شما برای سالهای آینده مرتبط و مفید باقی می ماند.

در نتیجه ، انتخاب بستر توالی مناسب برای تجزیه و تحلیل داده های میکروبی یک تصمیم پیچیده است که نیاز به بررسی دقیق عوامل مختلف دارد. با استفاده از زمان برای ارزیابی این عوامل ، می توانید یک انتخاب آگاهانه انجام دهید که نیازهای پروژه های تحقیق یا تحلیل شما را برآورده کند.

اگر علاقه مند به کسب اطلاعات بیشتر در مورد خدمات تجزیه و تحلیل داده های میکروبی ما هستید یا به انتخاب پلت فرم توالی مناسب نیاز دارید ، از دستیابی به آن دریغ نکنید. ما در اینجا هستیم تا در هر مرحله از راه به شما کمک کنیم و به شما کمک کنیم تا از داده های میکروبی خود بیشترین بهره را ببرید.

منابع

Metzker ، ML (2010). فن آوری های توالی - نسل بعدی. Nature Review Genetics ، 11 (1) ، 31 - 46.
Goodwin ، S. ، McPherson ، JD ، & McCombie ، WR (2016). آمدن سن: ده سال از فن آوری های توالی نسل بعدی. Nature Review Genetics ، 17 (6) ، 333 - 351.